土木水利专业学位授权点由2005年起陆续招生的水利工程、农业工程、建筑与土木工程硕士专业学位发展而来，于2018年合并为土木水利专业硕士点，现包括水利工程、农田水土工程、土木工程3个领域。

学科立足内蒙古，面向行业发展需求，集聚学科优势，以寒旱区土木水利领域亟待解决的关键技术问题为突破点，在寒旱区水资源评价、水资源配置与规划、水环境修复、盐碱地改良、黄河冰凌预警、水工建筑物防冲防护、高环境适应性工程材料、环境岩土力学效应等方面形成了特色。密结合国家和自治区经济社会发展对人才的需求，为行业培养了一批具有鲜明地域和行业特色、专业技术能力较高的应用型高层次人才。