学院有内蒙古乌梁素海湿地生态系统国家定位观测研究站、乌梁素海湿地生态系统国家长期科研基地、内蒙古自治区生态水文与水资源高效利用重点实验室、内蒙古自治区寒旱区水文科学与水资源开发利用工程技术研究中心、水资源高效利用与河湖湿地修复技术内蒙古自治区工程研究中心、高效节水技术装备与水土环境效应内蒙古自治区工程研究中心、黄河流域内蒙古段水资源与水环境综合治理自治区协同创新中心等省部级观测站、重点实验室和工程中心，有河套灌区杨家河灌域水工建筑物耐久性及水土环境力学、科尔沁沙地（草原）生态水文、锡林郭勒草原内陆河流域生态水文、河套灌区农业水土环境与盐碱地综合利用、呼伦湖湿地生态环境、达里诺尔湖生态环境、岱海湿地水文与生态环境、察汗淖尔湿地生态环境等野外观测试验基地，形成了较为完善的科研平台体系，全面服务支撑各学科科学研究工作。