学院立足内蒙古，面向寒旱区，围绕国家重大战略需求以及自治区“五大任务”需求，在生态水文过程、水资源节约集约利用、气候与环境变化、农业节水-控盐-减污、盐碱地综合改良、污染物迁移转化、水工新材料、工程结构新体系、岩土设计理论与防灾、黄河冰水沙输移与防凌减灾等领域开展科学研究工作，突破了部分关键理论和技术，服务支撑了国家战略和自治区“五大任务”。

近5年，主持在研或完成国家级科研项目149项，经费2.5亿元，其中：国家重点研发计划项目5项、课题9项，国家自然科学基金重点项目6项、重点国合1项、青年地区面上项目79项。省部级科研项目106项，经费1.01亿元，其中：自治区科技重大专项项目5项、课题7项，内蒙古科技计划重点项目6项、内蒙古自然科学基金重大项目2项、杰出青年培育基金3项、其他67项，自治区科技创新研发推广类23项。发表论文1080余篇，其中SCI、EI收录高水平论文450余篇。授权发明专利62项，出版专著34部、教材17部，参编标准21项。获科技奖励20项，其中省级自然科学、教学成果等一、二等奖10项。