土木工程学科主要依托于水工结构工程二级学科起步，水工结构工程二级学科2002年获硕士授予权，2018年获博士授予权，土木工程一级学科硕士点由2005年获批的结构工程和市政工程两个二级学科发展而来，于2018年获批一级学科硕士授予权。

学科现有教师21人，其中博士学位11人，硕士生导师9人。作为核心骨干成员组建内蒙古自治区水资源保护与利用重点实验室、黄河流域内蒙古段水资源与水环境综合治理自治区协同创新中心、高效节水技术装备与水土环境效应内蒙古自治区工程研究中心；拥有内蒙古科技重大专项乌海湖试验站、河套灌区杨家河灌域水工建筑物耐久性及水土环境力学试验站等2个野外试验基地。

学科面向自治区经济社会发展，结合地区土木工程和水利工程特点,依据地区特有的自然资源优势展开科学研究，逐步形成有地区特色、反映地区特点的研究成果。长期开展寒区工程结构新体系、寒旱区岩土设计理论与防灾科学技术、高环境适应性绿色建筑材料、寒区污水资源化与水环境修复技术等方面的研究。依托内蒙古自治区水资源保护与利用重点实验室和与内蒙古农业大学土木工程综合实验室等科研平台，紧密围绕国家及自治区社会经济发展战略需求，形成服务地方经济建设、多学科交融理论研究、技术研发与社会服务于一体的学科特色。

近5年，主持在研或完成省部级以上科研项目16项，经费1200余元，其中：国家重点研发计划课题1项、国家自然科学基金项目8项、自治区重大科技专项课题2项。发表论文120余篇，其中SCI、EI收录高水平论文50余篇。授权发明专利21项，出版专著5部、教材2部。获科技奖励2项。