水利工程学科由武汉大学、清华大学、天津大学、河海大学等学校的教师与优秀毕业生于1958年支边高起点创建。学科有水文学及水资源、水工结构工程、水利水电工程3个二级学科。2000～2006年水文学及水资源、水工结构工程、水利水电工程二级学科硕士点先后获批，2008年获批水利工程一级学科硕士点，2003年、2012年在农业工程学科下自设农业水工建筑物、农业水资源利用与保护二级学科博士点，2018年获批水利工程一级学科博士点，2019年获批水利工程博士后科研流动站。水文学及水资源、水工结构工程分别为自治区重点学科和重点（培育）学科。2023年水利工程学科获批自治区“一流拔尖培育学科”。

学科现有教师61人，其中博士学位50人，博士生导师16人，硕士生导师22人。有国务院特贴、国家万人计划领军人才、新世纪优秀人才支持计划、新世纪百千万人才国家级人选等6人次；有自治区草原英才领军人才、突出贡献中青年专家、杰青、草原英才等23人次。拥有科技部创新团队、教育部创新团队、国家生态定位站、自治区重点实验室和工程中心、野外试验基地、自治区草原英才创新团队、自治区教学团队等平台22个。学科寒旱区生态·水安全研究生党支部被评为自治区研究生样板党支部。

学科立足内蒙古，面向寒旱区，围绕黄河流域生态保护与高质量发展、“四水四定”等国家重大战略需求以及筑牢我国北方重要生态安全屏障、建设国家重要能源和战略资源基地、建设国家农畜产品生产基地等自治区重大战略需求，聚焦生态水文过程、水资源节约集约利用、气候与环境变化、污染物迁移转化、水工新材料、黄河冰水沙输移与防凌减灾等关键领域，形成了寒旱区生态水文过程与水资源高效利用、河湖湿地水环境演变与水生态修复、寒旱区水工材料及其冻害防治、寒区河冰过程及灾害控制、寒旱区农业水利与信息化技术等五个稳定的研究方向，培养适应经济社会发展需要的水利工程高层次人才，持续解决寒旱区水问题，不断突破卡脖子技术，全力服务支撑国家战略和自治区“五大任务”。

近5年，主持在研或完成国家级科研项目71项，经费1.71亿元，其中：国家重点研发计划项目5项、课题6项，国家自然科学基金重点项目5项、重点国合1项、青年地区面上项目50项。省部级科研项目90项，经费0.91亿元，其中：自治区科技重大专项项目4项、课题5项，内蒙古自然科学基金重大项目2项、杰出青年培育基金2项、其他47项，自治区科技创新研发推广类23项。发表论文640余篇，其中SCI、EI收录高水平论文260余篇。授权发明专利31项，出版专著25部、教材11部，参编标准13项。获科技奖励12项，其中省级自然科学、教学成果等一、二等奖9项。